Neben den angeführten Teilprojekten der Hafenbahn gibt es weitere Investitionsplanungen zur Hafenbahn. Diese beziehen sich insbesondere auf die Anbindung der Containerterminals im Westhafen, also CTB und CTH. Einen Einblick in diese weiteren Planungen gibt das Hafenentwicklungskonzept:

„Die auch zukünftig besonders stark befahrenen Weichenknoten, bei deren Kreuzung sich viele Züge und Rangierfahrten gegenseitig behindern sowie Streckenabschnitte im Raum Hausbruch–Alte Süderelbe müssen durch ein neues Netzkonzept innerhalb eines zehnjährigen Zeitraums entlastet werden. Priorität hat eine südliche Bahnausfahrt aus Altenwerder, die parallel zur bestehenden A 7 und zur geplanten A 26 an die neue Kattwyk­brücke und damit an die neue Nord-Ost-Achse anschließt. Die südliche Bahnanbindung von Altenwerder wird einen Bypass für das westliche Hafenbahnnetz bilden, der Containerzüge von den belasteten Weichenknoten und vom neuralgischen Abzweigpunkt in Hausbruch abschöpft. Sie soll weiter ergänzt werden durch eine Bahnlinie, die Hausbruch nördlich umfährt und direkt in die Strecke Hausbruch–Alte Süderelbe einfädelt. Abgerundet wird dieses Entlastungskonzept durch neue durchgehende Gleise im Westteil des Bahnhofs Alte Süderelbe, über die Containerzüge zu den Waltershofer Umschlagterminals geleitet werden können. Außerdem soll eine neue Gleisgruppe südlich des Bahnhofs Alte Süderelbe die Flexibilität dieses zentralen Hafenbahnhofes erweitern. Langfristig ist es für die Entwicklung des Hamburger Hafens wichtig, die beiden einzigen Flächen im Hafengebiet mit Bahnentwicklungspotenzialen zu sichern: das Areal südlich des Hafenbahnhofes Alte Süderelbe und der Seehafenbahnhof in Harburg. Zusätzliche Puffer und Servicefunktionen können eine verbesserte Anbindung des Seehafenbahnhofs in Harburg an die Containerschwerpunkte im westlichen Hafen schaffen.“[1]

Diese o.a. Ausführungen ergeben folgende konkrete Planungen:

• Vervielfachung der Kapazitäten des Bahnhofs Altenwerder,
• Neubau eines Vorstellbahnhofes südlich des Bahnhofs Süderelbe,
• Neubau des Bahnhofs Hamburg-Unterelbe (alter Seehafenbahnhof) in Harburg,
• Neubau einer südlichen Bahnausfahrt Altenwerder mit Anschluss an Hamburg-Unterelbe,
• Neubau einer Bahnlinie nördlich von Hausbruch, die in Hamburg-Unterelbe einfädelt.

Schätzung der Kosten
Stand 2013:                                                       500.000.000 €